В основе Стратегии лежат следующие принципы:
железнодорожный транспорт является одной из основ политического, социального, экономического и культурного единства России;
железнодорожный транспорт является важной составляющей поддержания высокого уровня обороноспособности и безопасности государства;
эффективно функционирующий железнодорожный транспорт является обязательным элементом обеспечения конкурентоспособности страны;
на железнодорожном транспорте обеспечивается эффективное сочетание государственного регулирования и рыночных механизмов саморегулирования;
опережающее развитие и модернизация железнодорожной сети являются инфраструктурной основой социально-экономического роста России;
повышение уровня безопасности функционирования железнодорожного транспорта является важнейшим государственным приоритетом развития и модернизации отрасли, научных исследований и текущей эксплуатационной работы.