В соответствии с главой 25.1 Налогового кодекса Российской Федерации плательщиками сбора за пользование объектами водных биологических ресурсов признаются организации и физические лица, в том числе индивидуальные предприниматели, получающие в установленном порядке разрешение на добычу (вылов) объектов водных биологических ресурсов во внутренних водах, в территориальном море, на континентальном шельфе Российской Федерации и в исключительной экономической зоне Российской Федерации.
Физические лица это граждане Российской Федерации, иностранные граждане и лица без гражданства.
В соответствии с Федеральным законом от 20 декабря 2004 года N 166-ФЗ "О рыболовстве и сохранении водных биологических ресурсов" разрешением на добычу (вылов) водных биологических ресурсов является документ, удостоверяющий право на добычу (вылов) водных биологических ресурсов, отнесенных к объектам рыболовства, выданный уполномоченным федеральным органом исполнительной власти. Уполномоченным федеральным органом исполнительной власти в настоящее время является Государственный комитет Российской Федерации по рыболовству.
Порядок оформления, выдачи, регистрации разрешений на добычу (вылов) водных биоресурсов и внесения в них изменений не установлен. В настоящее время Госкомрыболовство России разработало и согласовало с заинтересованными министерствами и ведомствами вышеуказанный порядок, который направлен на рассмотрение в Минюст России.
В связи с этим, плательщиками сбора за пользование объектами водных биологических ресурсов являются организации и индивидуальные предприниматели, осуществляющие виды водопользования, установленные Федеральным законом от 20.12.2004 года N 166-ФЗ на основании разрешения на добычу (вылов) объектов водных биологических ресурсов, которое дает право на добычу (вылов) определенного объема водных биоресурсов, отнесенных к объектам рыболовства, в конкретный период времени конкретным судном в пределах установленной доли квот.
Функции Министерства сельского хозяйства Российской Федерации в сфере рыболовства, производственной деятельности на судах рыбопромыслового флота, изучения, сохранения, воспроизводства и использования водных биологических ресурсов, а также функции Федеральной службы по ветеринарному и фитосанитарному надзору в сфере контроля и надзора за водными биологическими ресурсами и средой их обитания переданы Госкомрыболовству России (Указ от 24.09.2007 N 1274 Госкомрыболовства России).