Основными принципами приграничного сотрудничества являются:
1) осуществление приграничного сотрудничества на основе международных договоров Российской Федерации и соглашений субъектов Российской Федерации и муниципальных образований о приграничном сотрудничестве;
2) обеспечение интересов Российской Федерации в приграничном сотрудничестве;
3) разграничение полномочий в сфере приграничного сотрудничества между федеральными органами исполнительной власти, органами государственной власти приграничных субъектов Российской Федерации и органами местного самоуправления приграничных муниципальных образований;
4) скоординированность действий участников приграничного сотрудничества;
5) ненанесение ущерба экономическим и иным интересам Российской Федерации при осуществлении приграничного сотрудничества;
6) учет особенностей территорий приграничного сотрудничества Российской Федерации и приграничных территорий сопредельных государств, в том числе характера межгосударственных отношений и исторически сложившихся связей, а также интересов национальной безопасности Российской Федерации.