Финансирование приграничного сотрудничества осуществляется Сторонами за счет средств национальных бюджетов, предусмотренных на соответствующие цели. Выполнение совместных межгосударственных программ и проектов осуществляется в соответствии с порядком разработки, реализации и финансирования межгосударственных целевых программ Содружества Независимых Государств, утвержденным Решением Совета глав правительств Содружества Независимых Государств от 16 апреля 2004 г.
Финансирование деятельности совместных органов по приграничному сотрудничеству и реализуемых ими проектов осуществляется Сторонами в соответствии с законодательством Сторон.