Государственным заказчиком - координатором Программы является Государственный комитет Российской Федерации по рыболовству. Государственными заказчиками Программы выступают Государственный комитет Российской Федерации по рыболовству и Федеральная служба безопасности Российской Федерации.
Ответственными за разработку Программы являются Государственный комитет Российской Федерации по рыболовству и Федеральная служба безопасности Российской Федерации.
Ответственным за реализацию Программы является Государственный комитет Российской Федерации по рыболовству.