Механизм реализации Программы направлен на совершенствование методов работы органов государственного регулирования, пользователей воздушного пространства, владельцев и производителей воздушных судов и оборудования, авиапредприятий, аэропортов, организаций по техническому обслуживанию воздушных судов и организаций по обслуживанию воздушного движения по вопросам организации, производства и обеспечения полетов, а также на приведение их в соответствие с законодательством Российской Федерации и международными стандартами.
Организационное сопровождение реализации Программы осуществляет Межведомственная комиссия по безопасности полетов.
Головными исполнителями Программы являются Министерство транспорта Российской Федерации, Министерство промышленности и энергетики Российской Федерации, Федеральная аэронавигационная служба, Федеральное агентство воздушного транспорта, Федеральная служба по надзору в сфере транспорта, Федеральное агентство по промышленности, Федеральная служба по гидрометеорологии и мониторингу окружающей среды, которые осуществляют следующие функции:
разрабатывают федеральные и ведомственные целевые программы (с указанием конкретных работ по выполнению Программы, необходимых затрат по каждому мероприятию и источников их финансирования);
организуют и проводят конкурсный отбор исполнителей конкретных работ по реализации федеральных и ведомственных целевых программ в соответствии с законодательством Российской Федерации;
обеспечивают реализацию федеральных и ведомственных целевых программ и плана мероприятий.