Ассигнования из федерального бюджета на реализацию Программы выделяются государственным академиям наук в порядке, установленном Правительством Российской Федерации.
На конкурсной основе осуществляется финансовое обеспечение исследовательских проектов, объявляемых в рамках программ президиумов государственных академий наук. При разработке таких программ должны предусматриваться механизмы, позволяющие осуществлять финансовое обеспечение междисциплинарных фундаментальных научных исследований, в проведении которых участвуют несколько организаций, подведомственных одной и той же государственной академии наук, но специализирующихся в разных областях научной деятельности, а также прозрачные механизмы оценки эффективности их реализации.
Конкурсное финансовое обеспечение фундаментальных научных исследований в государственных академиях наук осуществляется на основе результатов экспертизы проектов, сопровождается информационной открытостью и регулярной публичной отчетностью как по отдельным проектам, так и по тематическим программам в целом.
Цели и задачи, порядок формирования и реализации указанных программ утверждаются президиумами государственных академий наук по согласованию с координационным советом Программы.
В составе направлений фундаментальных научных исследований могут предусматриваться мероприятия по развитию инфраструктуры (приобретение дорогостоящего научного оборудования, обеспечение доступа к научным электронным ресурсам, подписка на научные журналы), созданию условий для повышения эффективности фундаментальных исследований, а также по поддержке исследований, проводимых аспирантами и молодыми учеными.