5.1. Контроль за правильностью использования средств Фонда осуществляется Роснаукой, а также заместителем руководителя Ростехнадзора, курирующим научно-техническую деятельность.
Ростехнадзор осуществляет контроль за целевым и рациональным использованием средств Фонда организациями - исполнителями НИОКР.
5.2. Ответственность за целевое использование средств Фонда возлагается на руководителя Ростехнадзора и председателя правления Фонда.