В целях повышения эффективности надзорной деятельности проверка работы территориальных органов Службы проводится центральным аппаратом Службы в соответствии с Инструкцией об организации и проведении в Федеральной службе по экологическому, технологическому и атомному надзору комплексных, целевых, контрольных и служебных проверок (РД-03-22-2007).