Формирование мероприятий Программы основывается на положениях Концепции создания и развития аэронавигационной системы России, одобренной Правительством Российской Федерации (протокол заседания Правительства Российской Федерации N 35 от 4 октября 2006 г.), и анализе состояния Единой системы.
При формировании перечня мероприятий Программы используются результаты исследований и разработок, технических и рабочих проектов, рекомендации Международной организации гражданской авиации, а также материалы подпрограммы "Единая система организации воздушного движения" федеральной целевой программы "Модернизация транспортной системы России (2002-2010 годы)", являющейся в настоящее время недействующей подпрограммой в связи с ее исключением из указанной федеральной целевой программы.
В формировании перечня мероприятий Программы принимают участие государственные заказчики, заинтересованные федеральные органы исполнительной власти и научно-исследовательские институты.