В работе по формированию и реализации Программы предлагается участие Федеральной аэронавигационной службы и Федеральной службы по гидрометеорологии и мониторингу окружающей среды. Эти федеральные органы исполнительной власти являются основными участниками, ответственными за формирование и реализацию Программы.
На этапах формирования и реализации Программы предполагается взаимодействие с Министерством промышленности и энергетики Российской Федерации, Министерством транспорта Российской Федерации и Министерством обороны Российской Федерации.