Контроль реализации стратегии осуществляется на основании плана-графика реализации основных мероприятий и соответствующих планов выполнения федеральных целевых программ, планов, отдельных проектов и комплексов мероприятий, в рамках которых реализуется стратегия.
Контроль осуществляется правительством Российской Федерации, Министерством экономического развития и торговли РФ, Министерством промышленности и энергетики РФ и другими федеральными органами исполнительной власти в соответствии с их компетенцией.
Федеральная служба государственной статистики совместно с разработчиком стратегии организует ведение ежегодной статистической отчетности по ее реализации. Перечень показателей и порядок представления отчетности устанавливаются Федеральной службой государственной статистики по согласованию с Министерством экономического развития и торговли РФ, а также Министерством промышленности и энергетики РФ.
Министерство экономического развития и торговли РФ с участием Министерства финансов РФ, заинтересованных органов государственной власти Российской Федерации и органов государственной власти субъектов федерации организует экспертные проверки хода реализации отдельных мероприятий стратегии. При этом обращается внимание на достижение конечных результатов, выполнение сроков реализации мероприятий, целевое и эффективное использование выделенных средств.