Управление реализацией Программы, а также контроль за ее выполнением и эффективностью расходования бюджетных средств будет осуществлять государственный заказчик - координатор Программы.
Управление реализацией Программы будет осуществляться в соответствии с порядком разработки и реализации федеральных целевых программ и межгосударственных целевых программ, в осуществлении которых участвует Российская Федерация, утвержденным постановлением Правительства Российской Федерации от 26 июня 1995 г. N 594.
Для подготовки рекомендаций по тематике работ может быть создан научно-экспертный совет по научному сопровождению Программы, в состав которого могут включаться ведущие ученые и специалисты судостроительной промышленности и смежных отраслей по основным направлениям мероприятий Программы.
Головные исполнители (исполнители) мероприятий Программы определяются в соответствии с законодательством Российской Федерации.
Головные исполнители мероприятий Программы обеспечивают в соответствии с государственными контрактами выполнение проектов, необходимых для реализации Программы, организуют кооперацию соисполнителей.
Непосредственный контроль за исполнением мероприятий Программы осуществляют в установленном порядке государственные заказчики Программы, а также Министерство экономического развития и торговли Российской Федерации и другие федеральные органы исполнительной власти в соответствии с их полномочиями.