Перечень мероприятий Программы по каждому направлению формируется ее государственными заказчиками на основе предложений федеральных органов исполнительной власти, научно-исследовательских и опытно-конструкторских организаций различных организационно-правовых форм и с учетом задач, определенных Стратегией развития судостроительной промышленности на период до 2020 года и на дальнейшую перспективу, а также настоящей Концепцией.
Мероприятия Программы увязываются с мероприятиями, проводимыми в рамках других федеральных целевых программ, в выполнении которых участвуют организации судостроительной промышленности, и формируются с таким расчетом, чтобы исключить возможное дублирование с другими программами.
Отбор мероприятий для включения в Программу осуществляется исходя из приоритетности достижения конечной цели, масштаба действия мероприятия, степени влияния на конкурентные позиции промышленности, уровня замещения зарубежной судостроительной продукции и критичности для национальной безопасности государства.