Выполнение Программы рассчитано на 8-летний период (2009-2016 годы).
Предусматривается реализация Программы в 2 этапа.
Первый этап (2009-2011 годы) включает в себя разработку первоочередных проектов, базирующихся на уже имеющемся научно-техническом заделе, и выполнение работ по модернизации и развитию опытно-конструкторской и научно-экспериментальной базы судостроительной промышленности.
По результатам выполнения первого этапа возможно уточнение в установленном порядке мероприятий и показателей (индикаторов) Программы на втором этапе ее реализации.
Второй этап (2012-2016 годы) включает в себя завершение основных работ по модернизации и развитию опытно-конструкторской и научно-экспериментальной базы судостроительной промышленности и выполнение проектов по созданию перспективных научно-технических решений и технологий, реализуемых в новом поколении морской техники.