До 2007 года ПЦР не была утверждена в РФ как лабораторный метод для постановки диагноза ВИЧ-инфекции. Вместе с этим при комбинации эпидемиологических, клинических критериев и результатов ПЦР можно сделать вывод о наличии ВИЧ-инфекции у лиц с ложноположительным, ложноотрицательным или сомнительным результатом в ИФА и ИБ. При наличии эпидемиологических критериев, свидетельствующих о недавнем риске заражения ВИЧ для пациентов и при этом предположительно ложноположительных или ложноотрицательных результатов в ИФА и ИБ, например, при обследовании детей, рожденных от ВИЧ-инфицированных матерей, или пациентов в периоде "серонегативного окна" используется метод ПЦР, при котором обнаруживается генный материал ВИЧ. При выборе метода ПЦР необходимо также определить целесообразность детекции РНК или ДНК вируса иммунодефицита человека с помощью различных видов ПЦР. Рекомендации по сообщению результатов тестирования на ВИЧ изложены в инструкции по консультированию при ВИЧ-инфекции в разделе послетестового консультирования.