Комиссия состоит из двух национальных частей - Российской части и Таджикской части, осуществляющих свою работу в соответствии с национальным законодательством Сторон и положениями о национальных частях Комиссии.
Комиссия возглавляется председателями Российской и Таджикской частей Комиссии, утверждаемыми Сторонами в соответствии с национальным законодательством.
Председатели Российской и Таджикской национальных частей Комиссии наделяются правом формировать составы национальных частей Комиссии, назначать руководителей подкомиссий и рабочих групп, утверждать составы национальных частей подкомиссий и рабочих групп.
При необходимости председатели Российской и Таджикской частей Комиссии могут созывать внеочередные заседания Комиссии и проводить рабочие встречи.