Основными задачами Комиссии являются:
содействие развитию торгово-экономического и научно-технического сотрудничества между Российской Федерацией и Республикой Таджикистан;
анализ состояния сотрудничества между Российской Федерацией и Республикой Таджикистан, определение наиболее перспективных его направлений и путей совершенствования форм взаимодействия;
организация работы по выполнению двусторонних межправительственных соглашений и иных договоренностей, включая решения, принятые на заседаниях Комиссии;
рассмотрение вопросов, связанных с подготовкой двусторонних межправительственных соглашений, разработкой и реализацией приоритетных программ сотрудничества между Российской Федерацией и Республикой Таджикистан, а также разработка согласованных мер по их осуществлению;
координация деятельности органов исполнительной власти Российской Федерации и Республики Таджикистан по реализации принятых решений;
организация работы по обмену опытом проведения экономических реформ и выработка предложений по гармонизации законодательства обоих государств в интересах развития интеграционных процессов.