Реализация Программы осуществляется Министерством сельского хозяйства Российской Федерации и органами, уполномоченными на такую деятельность высшими исполнительными органами государственной власти субъектов Российской Федерации.
Субъектам Российской Федерации рекомендуется на основе Программы разработать и утвердить региональные программы развития сельского хозяйства и регулирования рынка сельскохозяйственной продукции, сырья и продовольствия.
Реализация мероприятий Программы осуществляется на основе заключения государственным заказчиком соглашений о реализации мероприятий Программы с органами, уполномоченными высшими исполнительными органами государственной власти субъектов Российской Федерации на реализацию мероприятий Программы, которые должны предусматривать обязательства субъектов Российской Федерации по финансированию мероприятий Программы за счет средств бюджетов субъектов Российской Федерации и привлеченных внебюджетных средств, а также по выполнению субъектами Российской Федерации показателей мероприятий Программы.
Органы, уполномоченные высшими исполнительными органами государственной власти субъектов Российской Федерации на реализацию мероприятий Программы, в свою очередь будут заключать с участниками мероприятий Программы в субъектах Российской Федерации соглашения о комплексном участии в Программе, которые должны будут предусматривать предоставление государственной поддержки на приобретение удобрений, семян и современной сельскохозяйственной техники в интересах концентрации и эффективного использования средств федерального бюджета, направляемых на ресурсное обеспечение Программы, с целью достижения конечных результатов, предусмотренных в региональных программах.
Начиная с 2009 года участие средств федерального бюджета в финансировании мероприятий, предусмотренных в Программе, будет осуществляться исходя из уровня дотационности бюджетов субъектов Российской Федерации и других критериев.
Порядок предоставления субсидий за счет средств федерального бюджета устанавливается Правительством Российской Федерации.