В целях организации автоматизированного информационного взаимодействия и обмена на межведомственном уровне в рамках системы, а также между ней и другими государственными информационными системами необходимо обеспечить разработку и внедрение специальных интеграционных приложений.
Обмен данными на межведомственном уровне осуществляется в соответствии с требованиями, рассматриваемыми на заседаниях президиума Совета при Президенте Российской Федерации по реализации приоритетных национальных проектов и демографической политике, или на основе специальных соглашений об информационном обмене, подписываемых заинтересованными сторонами.