В связи с тем, что создание системы носит комплексный межведомственный характер, направленный на совершенствование информационно-технологической и информационно-коммуникационной инфраструктуры государственного управления в целом, основным источником финансирования соответствующих работ является федеральная целевая программа "Электронная Россия (2002-2010 годы)".
При этом главным распорядителем бюджетных средств на проектирование системы должен быть определен ее государственный заказчик - координатор.
Федеральные органы исполнительной власти и органы исполнительной власти субъектов Российской Федерации являются функциональными заказчиками системы и участвуют в формировании требований и приемке ведомственных (региональных) сегментов системы, а также в последующем обеспечивают их эксплуатацию и информационное наполнение.