В формировании и реализации Программы принимают участие следующие федеральные органы исполнительной власти:
Министерство Российской Федерации по делам гражданской обороны, чрезвычайным ситуациям и ликвидации последствий стихийных бедствий;
Федеральная служба по гидрометеорологии и мониторингу окружающей среды;
Федеральная служба по экологическому, технологическому и атомному надзору;
Федеральное агентство по атомной энергии;
Федеральное агентство по строительству и жилищно-коммунальному хозяйству;
Федеральное медико-биологическое агентство;
Федеральное агентство морского и речного транспорта;
Федеральное агентство по промышленности;
Федеральное агентство по науке и инновациям;
Федеральное агентство по образованию.
Кроме того, в формировании Программы принимают участие Российская академия наук, Российская академия сельскохозяйственных наук и Российская академия медицинских наук.