Программу предлагается реализовать в 2 этапа.
На первом этапе (2008-2010 годы) предполагается осуществить следующие мероприятия:
строительство, реконструкция и расширение приоритетных объектов инфраструктуры по обращению с отработавшим ядерным топливом и радиоактивными отходами (строительство сухого хранилища отработавшего ядерного топлива на федеральном государственном унитарном предприятии "Горно-химический комбинат", строительство, реконструкция и расширение мощностей по обращению с радиоактивными отходами на специализированных комбинатах "Радон");
выполнение предпроектных и проектных работ по строительству опытно-промышленного объекта окончательной изоляции высокоактивных отходов;
выполнение неотложных работ по обеспечению безопасности остановленных ядерно и радиационно опасных объектов, в том числе работ на федеральных государственных унитарных предприятиях "Производственное объединение "Маяк", "Горно-химический комбинат", "Сибирский химический комбинат" и в других организациях;
создание научно-методической базы и элементов инфраструктуры государственных систем по обращению с отработавшим ядерным топливом и радиоактивными отходами, учета и контроля радиоактивных веществ и радиоактивных отходов, контроля радиационной обстановки и аварийного реагирования;
проведение комплексных инженерно-радиационных обследований состояния остановленных ядерных установок, пунктов хранения и других объектов ядерного наследия, выполнение предпроектных и проектных работ по переводу объектов в состояние, обеспечивающее долгосрочную экологическую безопасность.
На втором этапе (2011-2015 годы) предполагается осуществить следующие мероприятия:
завершение строительства сухого хранилища отработавшего ядерного топлива на федеральном государственном унитарном предприятии "Горно-химический комбинат";
создание опытно-демонстрационного центра по переработке отработавшего ядерного топлива на основе инновационных технологий на федеральном государственном унитарном предприятии "Горно-химический комбинат";
завершение строительства опытно-промышленного объекта окончательной изоляции высокоактивных радиоактивных отходов;
вывоз отработавшего ядерного топлива, накопленного в пристанционных хранилищах атомных электростанций, на федеральное государственное унитарное предприятие "Горно-химический комбинат";
выполнение работ по переводу остановленных ядерно и радиационно опасных объектов в безопасное состояние;
вывод из эксплуатации 1-го и 2-го блоков Белоярской атомной электростанции, 1-го и 2-го блоков Нововоронежской атомной электростанции;
создание необходимой инфраструктуры для вывода из эксплуатации 4 блоков Билибинской атомной электростанции.