Государственный заказчик - координатор Программы осуществляет координацию деятельности государственных заказчиков и организацию управления реализацией Программы в целом. Государственные заказчики Программы осуществляют управление реализацией соответствующих мероприятий Программы.
Руководителем Программы является руководитель Федерального агентства по атомной энергии.
Формы и методы организации управления реализацией Программы определяются государственным заказчиком - координатором Программы и ее государственными заказчиками в соответствии с функциями и полномочиями по управлению Программой, определенными порядком разработки и реализации федеральных целевых программ и межгосударственных целевых программ, в осуществлении которых участвует Российская Федерация, утвержденным постановлением Правительства Российской Федерации от 26 июня 1995 г. N 594.
Контроль и организация комплексных проверок за ходом реализации мероприятий Программы возлагаются непосредственно на государственных заказчиков Программы.
Промежуточные отчеты и годовые доклады о ходе реализации Программы являются открытыми и удовлетворяющими требованиям законодательства Российской Федерации.
Отбор исполнителей работ по реализации мероприятий Программы осуществляется в соответствии с Федеральным законом "О размещении заказов на поставки товаров, выполнение работ, оказание услуг для государственных и муниципальных нужд".