С 1 января 2004 года в соответствии со ст. 4 Федерального закона Российской Федерации от 11 ноября 2003 N 139-ФЗ вступила в силу глава 30 Налогового кодекса Российской Федерации.
Подпунктом "к" ст.4 Закона Российской Федерации от 13 декабря 1991 года N 2030-1 "О налоге на имущество предприятий" российские федеральные ядерные центры освобождались от уплаты налога на имущество как научные организации, в объеме работ которых доля научно-исследовательских, опытно-конструкторских и экспериментальных работ составляет более 70 процентов.
Главой 30 Налогового кодекса Российской Федерации не предусмотрено освобождение от уплаты налога организациями при наличии какой-либо доли научно-исследовательских, опытно-конструкторских и экспериментальных работ в общем объеме работ. Освобождение от налогообложения получили только Государственные научные центры (пункт 15 ст. 381 Налогового кодекса Российской Федерации). При этом Налоговый кодекс Российской Федерации не предусматривает возможности утверждения Правительством Российской Федерации перечня организаций, освобождаемых от уплаты данного налога.
Таким образом, с 1 января 2004 года российские федеральные ядерные центры должны уплачивать налог на имущество организаций (за исключением льгот по некоторым видам имущества), что по предварительным подсчетам, для РФЯЦ-ВНИИЭФ составит 122 275 тысяч рублей, а для РФЯЦ-ВНИИТФ - 58 400 тысяч рублей в год.
Российские федеральные ядерные центры включены в Перечень предприятий и организаций, утвержденный постановлением Правительства Российской Федерации N 238 от 7 марта 1995 г., в состав которых входят особо радиационно-опасные и ядерно-опасные производства и объекты, осуществляющие разработку, производство, эксплуатацию, хранение, транспортировку, утилизацию ядерного оружия, компонентов ядерного оружия, радиационно-опасных материалов и изделий. Таким образом, имущество этих организаций используется в основном для выполнения работ по Государственному оборонному заказу в целях обеспечения обороны страны и безопасности государства.
Государственные контракты на выполнение работ по Государственному оборонному заказу были заключены до вступления в силу главы 30 Налогового кодекса Российской Федерации. Соответственно, в структуру цены этих контрактов не включен налог на имущество организаций. Поскольку договоры по выполнению Государственного оборонного заказа носят, преимущественно, долгосрочный характер, российские федеральные ядерные центры длительное время будут находиться в весьма затруднительном финансовом положении.
Выплата налога в этой ситуации будет производиться из прибыли, которая, в свою очередь, регламентируется Минатомом России по согласованию с Минимуществом России и также утверждена без учета главы 30 Налогового кодекса Российской Федерации. Следовательно, налог на имущество может быть выплачен только за счет снижения социальных расходов и может спровоцировать рост социальной напряженности. Указанные обстоятельства, в свою очередь, могут повлиять на сроки и качество выполнения работ по выполнению Государственного оборонного заказа.