Проектирование, создание и эксплуатация КСИ Ростехнадзора финансируются за счет средств федерального бюджета, бюджетов субъектов Российской Федерации, федеральных целевых и ведомственных программ, в том числе ФЦП "Электронная Россия", внебюджетных фондов, коммерческих и других негосударственных структур, а также за счет российских и международных фондов, проектов, грантов и др.
Состав мероприятий, сроки их осуществления и объемы финансирования определяются программой работ по созданию и развитию КСИ Ростехнадзора.