Функции государственного заказчика - координатора Программы предполагается возложить на Министерство здравоохранения и социального развития Российской Федерации, а функции государственных заказчиков Программы - на Федеральное агентство по здравоохранению и социальному развитию, Федеральное агентство по образованию, Федеральное агентство по культуре и кинематографии, Федеральное агентство по физической культуре и спорту, Министерство внутренних дел Российской Федерации и Федеральную службу исполнения наказаний.
Указанные федеральные органы исполнительной власти должны стать основными разработчиками Программы и подпрограмм.