При первом варианте непосредственное управление реализацией Программы, в том числе организация торгов на право проведения работ по выполнению мероприятий Программы, определение задач и приоритетов технологического развития, уточнение объемов и форм ресурсного обеспечения Программы, включая распределение общего объема выделенных на реализацию Программы средств федерального бюджета по ее основным разделам и направлениям, а также оперативный контроль за ходом выполнения работ и эффективностью расходования выделенных средств осуществляются государственным заказчиком координатором Программы совместно с другими государственными заказчиками.
Для формирования рекомендаций по направлениям разработок и контроля за научно-техническим уровнем разрабатываемых технологий в рамках системы управления реализацией Программы создается экспертный совет по координации и научному сопровождению Программы (далее - экспертный совет), в состав которого включаются ведущие ученые и специалисты страны в области технологического развития, представители государственных заказчиков Программы, ведущих организаций высокотехнологичных отраслей промышленности.
Действенность и эффективность этого варианта управления реализацией Программы подтверждена практикой выполнения федеральной целевой программы "Национальная технологическая база" на 2002-2006 годы.
При втором варианте для обеспечения оперативного управления реализацией Программы, включая контроль за ходом ее выполнения и эффективностью расходования выделенных средств, создается дирекция Программы в форме специализированного государственного учреждения, которое будет финансироваться по смете за счет средств, выделенных на реализацию Программы. В этом варианте также целесообразна организация экспертного совета, наделенного теми же функциями, что и в первом варианте.
С учетом опыта управления реализацией федеральной целевой программы "Национальная технологическая база" на 2002-2006 годы более предпочтительным является первый вариант организации управления реализацией Программы.