Выполнение Программы рассчитано на 5-летний период (2007-2011 годы). Планировать реализацию Программы на более длительный срок нецелесообразно вследствие динамичности мировых тенденций и приоритетов в области развития высоких технологий.
Предусматривается реализация Программы в два этапа.
Первый этап (2007-2009 годы) включает в себя выполнение быстрореализуемых проектов, базирующихся на уже имеющемся научно-техническом заделе.
Второй этап (2008-2011 годы) включает в себя выполнение сложных комплексных проектов по созданию перспективных технологий, реализуемых в новых поколениях наукоемкой продукции и ориентированных на недопущение технологического отставания от передовых стран или закрепление отечественного приоритета по основным стратегически важным направлениям.