В качестве государственного заказчика - координатора Программы предлагается определить Министерство здравоохранения и социального развития Российской Федерации.
В качестве государственных заказчиков Программы предлагаются:
Федеральное агентство по здравоохранению и социальному развитию - по подпрограммам "Сахарный диабет", "Туберкулез", "ВИЧ-инфекция", "Онкология", "Инфекции, передаваемые половым путем", "Вирусные гепатиты", "Психические расстройства", "Артериальная гипертония" и "Вакцинопрофилактика";
Федеральная служба исполнения наказаний - по подпрограммам "Сахарный диабет", "Туберкулез", "ВИЧ-инфекция", "Онкология", "Инфекции, передаваемые половым путем", "Вирусные гепатиты" и "Психические расстройства";
Федеральная служба по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека - по подпрограммам "ВИЧ-инфекция", "Вирусные гепатиты" и "Вакцинопрофилактика";
Российская академия медицинских наук - по подпрограммам "Онкология" и "Вакцинопрофилактика".