Начальной точкой границы буферной экологической зоны Байкальской природной территории принимается точка с координатами 56°12'49" с.ш., 110°54'56" в.д. на Верхнеангарском хребте в верховьях р.Кичера. От этой точки граница идет в северо-восточном направлении по линии водораздела Верхнеангарского хребта через высоты с отметками 2595 м, 2569 м, 2453 м, 2641 м, 2025 м, 1534 м, 1858 м, 1895 м, 2025 м, 2117 м, 2090 м до точки с координатами 56°39'40" с.ш., 113°06'33" в.д. В этой точке граница соединяется с границей Иркутской области и Республики Бурятия и проходит по ней до точки с координатами 56°31'54" с.ш., 113°50'06" в.д.
Затем граница идет по линии водораздела между реками бассейна озера Байкал и бассейна реки Витим через точки с координатами 56°24'14" с.ш., 113°34'46" в.д.; 56°20'05" с.ш., 113°45'03" в.д.; 56°18'05" с.ш., 113°31'14" в.д.; 56°08'12"с.ш., 113°07'13" в.д.; 55°57'49 " с.ш., 113°02'54" в.д.; 55°53'24" с.ш., 112°55'31" в.д.; 55°48'45" с.ш., 112°31'47" в.д.; 55°39'17" с.ш., 112°25'39" в.д.; 55°20'45" с.ш., 112°53'55" в.д.; 55°16'01" с.ш., 112°32'02" в.д.; 55°22'50" с.ш., 112°19'13" в.д.; 55°13'48" с.ш., 111°55'55" в.д.; 54°47'15" с.ш., 111°36'52" в.д.; 54°38'05" с.ш., 111°42'16" в.д.; 54°13'37" с.ш., 111°12'57" в.д.; 54°06'38" с.ш., 111°21'14" в.д.; 53°51'12" с.ш., 111°07'58" в.д.; 53°39'24" с.ш., 111°07'46" в.д.; 53°35'53" с.ш., 110°53'19" в.д.; 53°17'53" с.ш., 110°37'09" в.д.; 53°12'47" с.ш., 110°40'56" в.д.; 53°06'53" с.ш., 110°21'18" в.д.; 53°04'44" с.ш., 110°35'49" в.д.; 52°47'29" с.ш., 110°48'18" в.д.; 52°25'44" с.ш., 111°31'20" в.д.; 52°33'22" с.ш., 112°12'44" в.д. Далее граница идет через высоту с отметкой 1268 м до границы между Республикой Бурятия и Читинской областью и соединяется с ней в точке с координатами 52°18'01" с.ш., 112°10'06" в.д.
Затем граница идет по границе между Республикой Бурятия и Читинской областью до точки с координатами 52°24'18" с.ш., 113°05'36" в.д. От этой точки граница идет по водоразделу между реками бассейна озера Байкал и бассейна р.Ингода через точки с координатами 52°18'41" с.ш., 113°12'55" в.д.; 51°52'45" с.ш., 112°38'28" в.д.; 51°45'21" с.ш., 112°43'11" в.д.; 51°17'04" с.ш., 111°43'04" в.д.; 51°08'20" с.ш., 111°11'48" в.д.; 50°55'08" с.ш., 111°15'01" в.д.; 50°22'18" с.ш., 111°03'36" в.д.; 50°18'48" с.ш. 111°06'44" в.д.; 50°16'11" с.ш., 110°56'15" в.д.; 49°54'32" с.ш., 111°00'58" в.д.; 49°54'26" с.ш., 110°54'23" в.д.; 49°35'44" с.ш., 110°55'27" в.д.; 49°43'41" с.ш., 110°45'39" в.д.; 49°42'06" с.ш., 110°25'30" в.д.; 49°30'35" с.ш., 110°11'28" в.д.; 49°36'14" с.ш., 109°38'21" в.д.; 49°28'16" с.ш., 109°33'16" в.д. и выходит к государственной границе Российской Федерации с Монголией в точке с координатами 49°18'51" с.ш., 109°22'05" в.д.
Далее граница идет по государственной границе Российской Федерации с Монголией до точки с координатами 51°04'58" с.ш., 102°09'37" в.д. Затем граница идет по водоразделу рек бассейна озера Байкал и бассейна р.Иркут через точки с координатами 51°05'03" с.ш., 102°50'58" в.д.; 51°08'05" с.ш., 102°55'49" в.д.; 51°07'20" с.ш., 103°14'34" в.д. до точки с координатами 51°02'06" с.ш., 103°18'15" в.д., в которой соединяется с границей центральной экологической зоны и по этой границе идет на восток через высоту с отметкой 2196 м, точку с координатами 51°02'37" с.ш., 103°32'06" в.д. до высоты с отметкой 2065,4 м и далее до точки с координатами 56°12'49" с.ш., 110°54'56" в д.