Руководителем Программы является Министр образования и науки Российской Федерации.
Координатором Программы является Министерство образования и науки Российской Федерации.
Управление реализацией Программы производится на основе соглашений координатора Программы с каждым из ее участников.
Для реализации Программы координатор Программы:
разрабатывает и принимает в пределах своих полномочий, в том числе совместно с иными участниками Программы, нормативные акты, необходимые для реализации Программы;
планирует экспертные проверки выполнения отдельных мероприятий участниками Программы;
представляет участникам Программы в соответствии с двусторонними соглашениями статистическую, справочную и аналитическую информацию о выполнении мероприятий Программы;
дает заключение по предложениям главных распорядителей бюджетных средств - участников Программы, связанным с вопросами увеличения финансирования мероприятий Программы;
готовит ежегодный доклад Правительству Российской Федерации о ходе и результатах реализации Программы.
Координационно-коллегиальным органом является Межведомственный научно-технический совет по проблеме нанотехнологий и наноматериалов. В его состав входят представители главных распорядителей бюджетных средств - участников Программы, ученые, а также представители крупных бизнес-сообществ, заинтересованные в развитии российской наноиндустрии.
Технический координатор Программы - Федеральное агентство по науке и инновациям выполняет следующие функции:
организация взаимодействия участников Программы с головной научной организацией Программы и головными организациями отраслей, установленными в настоящем разделе;
организация внедрения информационных технологий в целях управления реализацией Программы и обеспечение размещения в сети Интернет материалов о реализации Программы, финансировании мероприятий Программы и привлеченных внебюджетных средствах;
организация и ведение мониторинга реализации Программы;
информационно-аналитическое обеспечение подготовки ежегодного доклада Правительству Российской Федерации о реализации Программы;
представление координатору Программы статистической, справочной и аналитической информации о реализации Программы.
В рамках Программы осуществляют деятельность следующие субъекты инновационной системы:
головная научная организация Программы;
головные организации отраслей;
научно-образовательные центры, созданные на базе ведущих вузов страны;
центры коллективного пользования научным оборудованием;
центры трансфера технологий;
венчурные фонды и иные специализированные финансовые институты, включая фонд развития наноиндустрии;
негосударственные организации - участники Программы.
Головная научная организация Программы, определяемая координатором Программы на конкурсной основе, выполняет следующие функции:
осуществляет научное и методическое обеспечение координации исследований и разработок для формирования технологической базы в рамках Программы;
осуществляет комплексную научную и технологическую экспертизу мероприятий Программы в области соответствующих исследований и разработок, включая экспертизу достигнутых результатов и определение потенциала их производства и продажи;
осуществляет научное и методическое обеспечение координации проектов международного научно-технического сотрудничества;