Управление ходом реализации подпрограммы осуществляет государственный заказчик - Федеральное агентство морского и речного транспорта.
Механизмы реализации подпрограммы определяют комплекс мер воздействия государственного заказчика на эффективность реализации отдельных мероприятий и подпрограммы в целом.
Подпрограмма реализуется преимущественно за счет собственных средств предприятий отрасли. Важная роль в управлении подпрограммой принадлежит судоходным компаниям, морским портам и акционерным обществам, занимающимся перевалкой грузов и другими видами транспортного обслуживания.
Успешная реализация подпрограммы в значительной степени определяется расширением круга участников инвестиционного процесса, что может быть достигнуто при повышении инвестиционной привлекательности проектов.
С целью повышения эффективности инвестиций расширяется применение принципов проектного финансирования.
Реализация подпрограммы осуществляется с применением системы государственных контрактов на закупку и поставку транспортных средств, технологического оборудования и другой продукции для федеральных государственных нужд, заключаемых государственным заказчиком с соответствующими исполнителями мероприятий подпрограммы.
В указанных контрактах определяются права и обязанности государственного заказчика и поставщиков по обеспечению государственных нужд, регулируются их отношения при выполнении государственного контракта и предусматривается осуществление государственным заказчиком контроля за его выполнением.
Отбор организаций - исполнителей мероприятий подпрограммы осуществляется государственным заказчиком на конкурсной основе в соответствии с критериями и процедурой конкурсного отбора исполнителей и установленным порядком заключения государственных контрактов.
Система информационного обеспечения реализации подпрограммы предполагает ведение баз данных о ходе выполнения мероприятий, в том числе по регионам.
Текущее управление реализацией подпрограммы осуществляется федеральным государственным учреждением "Дирекция государственного заказчика по реализации федеральной целевой программы "Модернизация транспортной системы России".
Текущее управление реализацией подпрограммы обеспечивается в рамках делегированных государственным заказчиком полномочий.
Основным видом отчетности о ходе выполнения контрактов является ежеквартальное федеральное государственное статистическое наблюдение по установленным формам.
Кроме того, ежегодные доклады о ходе работ по подпрограмме и об эффективности использования финансовых средств государственный заказчик направляет в Министерство экономического развития и торговли Российской Федерации и Министерство транспорта Российской Федерации.