Для научного сопровождения реализации подпрограммы в нее включены научно-исследовательские и опытно-конструкторские работы по обеспечению безопасности судоходства, надежной эксплуатации гидротехнических сооружений, технического флота, средств навигационного оборудования судовых ходов, совершенствованию и развитию сети технологической связи, а также по обеспечению экологической безопасности на внутренних водных путях.
Рациональное использование, устойчивое функционирование и эффективное развитие внутренних водных путей возможны только при одновременном решении ряда научно-технических, экономических и правовых вопросов в области развития и реконструкции внутренних водных путей, в связи с чем предусмотрено выполнение научно-исследовательских работ для реализации основных задач подпрограммы по ряду направлений:
первое направление - проведение исследований и разработка экономических обоснований подготовки внутренних водных путей на участках международного транспортного коридора "Север - Юг" для увеличения пропускной способности и последующей интеграции их в систему международных транспортных коммуникаций;
второе направление - осуществление мониторинга (сопровождение) выполнения подпрограммы, исследование эффективности функционирования внутренних водных путей;
третье направление - проведение исследований в области обеспечения технической безопасности и эксплуатационной надежности гидротехнических сооружений и внутренних водных путей;
четвертое направление - проведение исследований в области модернизации и строительства судов технического флота нового поколения;
пятое направление - проведение исследований в области оптимального развития сети технологической связи на внутренних водных путях;
шестое направление - проведение исследований в области автоматизированной проводки судов и электронной картографии на внутренних водных путях;
седьмое направление - проведение исследований правовых аспектов нормативно-технических документов, содержащих обязательные требования к безопасности продукции, процессов, услуг (работ) в области внутренних водных путей, и подготовка предложений по переводу национальных и отраслевых стандартов в категорию технических регламентов.