Хотя суда обеспечивающего флота и не участвуют непосредственно в перевозках грузов, но без них невозможны не только перевозки, но и вообще современное судоходство. Этот флот призван обеспечивать высокий уровень безопасности мореплавания и охраны окружающей природной среды в прибрежных зонах, выполнение аварийно-спасательных операций, дноуглубительных, подводно-технических, служебно-вспомогательных и других работ.
Поскольку обеспечивающий флот выполняет преимущественно государственные, а не коммерческие задачи, подпрограмма предусматривает осуществлять финансирование его строительства на 76 процентов за счет средств федерального бюджета. Причем 90,6 процента бюджетных средств предполагается израсходовать на строительство ледокольного (в первую очередь атомного) флота.