Государственный заказчик Программы - Федеральное агентство по атомной энергии осуществляет управление реализацией Программы и несет ответственность за результаты ее осуществления.
Руководителем Программы является руководитель Федерального агентства по атомной энергии.
Формы и методы организации управления реализацией Программы определяются государственным заказчиком в соответствии с Порядком разработки и реализации федеральных целевых программ и межгосударственных целевых программ, в осуществлении которых участвует Российская Федерация, утвержденным постановлением Правительства Российской Федерации от 26 июня 1995 г. N 594.
Контроль и организация комплексных проверок за ходом реализации Программы возлагаются непосредственно на государственного заказчика Программы. Промежуточные отчеты и годовые доклады о ходе реализации Программы являются открытыми.
Отбор исполнителей (поставщиков, подрядчиков) программных мероприятий осуществляется в соответствии с законодательством Российской Федерации.