Министерство образования и науки Российской Федерации является государственным заказчиком - координатором Программы. Федеральное агентство по науке и инновациям и Федеральное агентство по образованию являются государственными заказчиками Программы, а Московский государственный университет имени М.В.Ломоносова - государственным заказчиком Программы в части государственных капитальных вложений. Разработчиками Программы выступают Министерство образования и науки Российской Федерации и Федеральное агентство по науке и инновациям.
Финансирование строительства и реконструкции объектов государственных научных центров, включенных в Программу, осуществляется в установленном порядке через главных распорядителей бюджетных средств, к ведению которых отнесены указанные объекты.