В качестве возможных вариантов решения проблем в сфере развития науки и инноваций рассматриваются следующие:
эволюционный вариант, при реализации которого осуществляется прямое применение мер и механизмов, используемых при реализации федеральной целевой научно-технической программы "Исследования и разработки по приоритетным направлениям развития науки и техники" на 2002-2006 годы с сохранением пропорций ресурсного обеспечения программных мероприятий. Преимуществами данного варианта являются отработанность механизмов поддержки, сложившаяся система управления, снижение издержек управления и наиболее заметный эффект в среднесрочной перспективе, а рисками - падающая эффективность, вытеснение частных инвестиций, сохранение круга активных субъектов инновационных процессов, исчерпание технологического потенциала, сужение базы для долгосрочного развития;
инвестиционный вариант, при реализации которого осуществляется формирование центров превосходства и развитие научно-технологической базы. Преимуществами данного варианта являются развитие научно-технологического потенциала для долгосрочного развития, повышение привлекательности научной деятельности для молодых специалистов, формирование институциональной базы исследований и разработок, реализация отдельных прорывных направлений научно-технического развития, а рисками - некорректность выбора направлений инвестиций, нерациональность состава закупаемых технологических комплексов, замораживание вложенных средств, неэффективность использования нового оборудования;
партнерский вариант, при реализации которого осуществляется развитие механизмов государственно-частного партнерства, привлечение новых инвесторов, частного бизнеса к участию в Программе в сочетании с усилением их роли в выработке и принятии решений. Преимуществами данного варианта являются расширение круга инновационно-активных компаний, рост внебюджетного софинансирования, усиление координации проводимых исследований и разработок, рациональность выбора направлений исследований, а рисками - "размывание" приоритетов технологического развития, смещение проводимых исследований и разработок к ближайшей перспективе, рост издержек управления Программой;
комплексный вариант, который базируется на преимуществах указанных вариантов и снижает риски при их реализации. Этому варианту отдается предпочтение.