Системы ФСС используют для двух направлений связи космос-Земля и Земля-космос, как правило, разные полосы частот. При этом в России для ФСС космос-Земля используются полосы, ГГц: 3.4-4.2, 4.5-4.8, 7.25-7.75, 10.7-11.7, 12.5-12.75, 17.7-21.2. Для ФСС Земля-космос: 5.725-7.075, 7.9-8.4, 10.7-11.7, 12.5-13.25, 13.75-14.5, 17.3-18.1.
Системы ФС работают в полосах частот, ГГц: 3.9-4.2, 5.67-6.17, 5.925-6.425, 6.46-7.08, 7.25-7.75, 7.9-8.4, 8.5-8.7, 10.7-11.7, 12.75-13.25, 14.5-15.35, 17.7-19.7.
Совместное использование полос частот РЭС ФСС и ФС создает условия для образования следующих взаимных помех:
а) передающие станции наземной службы, то есть радиорелейные станции (РРС) создают помехи приемникам земных станций (ЗС) спутниковой службы в полосе частот космос-Земля;
б) передающие ЗС космической службы создают помехи приемникам РРС наземной службы в полосе частот Земля-космос.
Возможные виды помех определяются распределением частот источников и рецепторов помех, а также структурой станций.