4.1. Основными функциями Учреждения являются:
4.1.1. Осуществление в соответствии с законодательством Российской Федерации мер по управлению водными биологическими ресурсами, как федеральной собственностью, посредством организации и осуществления сохранения, воспроизводства и рационального использования водных биоресурсов и среды их обитания;
4.1.2. Обеспечение государственного учета и государственного мониторинга состояния водных биологических ресурсов, включая функционирование отраслевой системы мониторинга водных биологических ресурсов и среды их обитания и наблюдения за деятельностью рыбопромысловых судов;
4.1.3. Осуществление мероприятий по восстановлению водных биологических ресурсов и среды их обитания, нарушенных в результате стихийных бедствий и по иным причинам;
4.1.5. Участие в реализации международных договоров и соглашений Российской Федерации в области рыболовства и рыбного хозяйства.
4.2. Учреждение в соответствии с возложенными на него задачами осуществляет следующие виды деятельности:
4.2.1. Формирует реестр рыбопромысловых участков и реестр пользователей водных биологических ресурсов в зоне деятельности Учреждения и представляет необходимую информацию в Росрыболовство для ведения единого реестра рыбопромысловых участков и единого реестра пользователей водных биологических ресурсов;
4.2.2. Осуществляет учет на основе статистических данных, полученных в ходе осуществления проверки деятельности предприятий в пределах компетенции, а также отчетов, предоставляемых пользователями водными биологическими ресурсами, в этих целях проводит выдачу и регистрацию промысловых журналов;
4.2.3. Готовит предложения по определению категории водных объектов рыбохозяйственного значения;
4.2.4. Осуществляет мониторинг состояния водных биоресурсов и среды их обитания в зоне деятельности Учреждения;
4.2.5. Выдает документ, удостоверяющий наделение пользователя квотами добычи (вылова) водных биоресурсов;
4.2.6. Осуществляет работы по оценке состояния водных биоресурсов, обследованию водных объектов в целях определения общих допустимых уловов, разработки мер по воспроизводству и рациональному использованию;
4.2.7. Осуществляет работы по воспроизводству и акклиматизации водных биоресурсов, рыбохозяйственной мелиорации водных объектов, спасению молоди промысловых видов водных биоресурсов;
4.2.8. Осуществляет в соответствии с правилами рыболовства регулирование использования водных биоресурсов, находящихся в федеральной собственности;
4.2.9. Обеспечивает меры по сохранению водных биоресурсов и среды их обитания;
4.2.10. Обеспечивает по поручению Росрыболовства в зоне деятельности Учреждения выполнение международных договоров Российской Федерации в области рыболовства и рыбного хозяйства.
4.2.11. Участвует в установленном порядке в введении ограничений рыболовства в целях сохранения водных биоресурсов и их рационального использования;
4.2.12. Представляет предложения по совершенствованию правил рыболовства;
4.2.13. Участвует в распределении квот вылова (добычи) водных биоресурсов в поверхностных водных объектах;
4.2.14. Принимает участие в ведении государственного учета, осуществляет сбор информации для ведения государственного кадастра водных биоресурсов водных объектов рыбохозяйственного значения, находящихся в зоне деятельности Учреждения, создает и использует необходимые информационные системы и базы данных;
4.2.15. Осуществляет по поручению Росрыболовства заключение договоров пользования рыбопромысловыми участками, а также договоров об искусственном воспроизводстве водных биоресурсов в водных объектах рыбохозяйственного значения;
4.2.16. Осуществляет по поручению Росрыболовства заключение договоров на проведение работ по созданию озерных, садковых и культурных рыбных хозяйств;
4.2.17. Рассматривает в установленном порядке данные о сточных, дренажных водах и отходах с очистных сооружений, устройств и других источников, нормативы предельно допустимых сбросов в водных объектах рыбохозяйственного значения, находящихся в зоне деятельности Учреждения и представляет по ним соответствующие заключения;
4.2.18. Совместно с научными рыбохозяйственными организациями готовит предложения по разработке нормативов качества воды водных объектов рыбохозяйственного значения, в том числе нормативов предельно допустимых концентраций вредных веществ в воде водных объектов рыбохозяйственного значения в зоне деятельности Учреждения;
4.2.19. Выдает заключения по объектам государственной экологической экспертизы в случае их рассмотрения;
4.2.20. Выдает заключения на размещение, проектирование, строительство, реконструкцию и ввод в эксплуатацию хозяйственных и иных объектов, а также внедрение новых технологических процессов, влияющих на состояние водных биоресурсов и среду их обитания;
4.2.21. Ведет учет действующих рыбопропускных и водозаборных сооружений, находящихся в ведении юридических лиц и граждан;
4.2.22. Осуществляет ихтиологические наблюдения за эффективностью рыбозащитных устройств на водозаборах, определяет размеры ущерба, нанесенного водным биоресурсам, и предъявляет иски по их возмещению в соответствии с гражданским законодательством;