2.1. Учреждение осуществляет свою деятельность непосредственно и через входящие в его состав структурные подразделения (филиалы):
Калининградский отдел по воспроизводству водных биологических ресурсов и организации рыболовства
почтовый адрес: 236000, г.Калининград, ул.Кирова, д.15;
Морской отдел по организации рыболовства
почтовый адрес: 236000, г.Калининград, ул.Кирова, д.15;
Неманский филиал по воспроизводству водных биологических ресурсов и организации рыболовства
почтовый адрес: 238700, Калининградская область, г.Советск, ул.Базарная, д.3-а;
Полесский филиал по воспроизводству водных биологических ресурсов и организации рыболовства
почтовый адрес: 238630, Калининградская область, г.Полесск, ул.Калининградская, д.49;
Приморский филиал по воспроизводству водных биологических ресурсов и организации рыболовства
почтовый адрес: 238530, Калининградская область, г.Зеленоградск, ул.Тургенева, д.15-б.
В состав отделов входят наблюдательные ихтиологические станции и пункты, рыбоводно-мелиоративные станции и участки, экспедиции по водоустройству нерестилищ, станции и участки спортивного и любительского рыболовства.