2.1. Учреждение осуществляет координацию деятельности следующих учреждений по воспроизводству водных биологических ресурсов:
Государственное рыбоводное учреждение Выгский рыбоводный завод
почтовый адрес: 186530, Республика Карелия, Беломорский район, пос.Сосновец;
Государственное рыбоводное учреждение Карельская рыбоводная станция
почтовый адрес: 185035, Республика Карелия, г.Петрозаводск, ул.Антикайнена, д.10;
Государственное рыбоводное учреждение Кемский рыбоводный завод
почтовый адрес: 186600, Республика Карелия, г.Кемь, тракт Калевала-Кемь, 7 км;
2.2. Учреждение осуществляет свою деятельность непосредственно и через входящие в его состав структурные подразделения (филиалы):
Отдел по организации рыболовства и воспроизводства водных биологических ресурсов по Республике Карелия
почтовый адрес: 185035, Республика Карелия, г.Петрозаводск, ул.Коммунальная, д.9-а;
Выгозерский межрайонный филиал по организации рыболовства и воспроизводства водных биологических ресурсов
почтовый адрес: 186420, Республика Карелия, г.Сегежа, ул.Речная, д.17-а;
Лоухский межрайонный филиал по организации рыболовства и воспроизводства водных биологических ресурсов
почтовый адрес: 186670, Республика Карелия, Лоухский район, пос.Чупа, ул.Клубная, д.5;
Медвежьегорский межрайонный филиал по организации рыболовства и воспроизводства водных биологических ресурсов
почтовый адрес: 186348, Республика Карелия, Медвежьегорский район, пос. Челмужи;
Северо-Ладожский межрайонный филиал по организации рыболовства и воспроизводства водных биологических ресурсов
почтовый адрес: 186007, Республика Карелия, Олонецкий район, пос.Видлица, ул.Ладожская, д.6.
В состав филиалов и отдела входят наблюдательные ихтиологические станции и пункты, мелиоративные станции и участки, экспедиции по водоустройству нерестилищ, станции и участки спортивного и любительского рыболовства.