Реализация Программы рассчитана на 10-летний период (2007-2016 годы). Вместе с тем сроки реализации Программы могут быть уточнены с учетом избранных цели Программы и варианта решения проблемы, экономических и иных возможностей Российской Федерации.
Программу предполагается реализовать в один этап, поскольку значительное количество ее мероприятий связаны между собой и носят долгосрочный характер.
Специфика проблемы и необходимость постоянного осуществления комплекса мер по обеспечению поступательного развития уголовно-исполнительной системы, приведению ее основных характеристик в соответствие с законодательством Российской Федерации, Минимальными стандартными правилами обращения с заключенными и другими международными правовыми актами обусловливают невозможность досрочного прекращения реализации Программы.