Программное обеспечение, применяемое в составе ИС ДЛО в качестве обособленных функциональных подсистем, подлежит сертификации в Системе добровольной сертификации программных средств, применяемых в обязательном медицинском страховании (приказ ФОМС от 29.10.99 N 92). Процедура сертификации определяет степень соответствия используемых подсистем заявленным характеристикам, Регламенту централизованной обработки данных и информационного взаимодействия участников ДЛО, требованиям настоящего документа, а также ГОСТам и соответствующим руководящим документам.
Кроме сертификации отдельных программных модулей участников, должны быть сертифицированы программные комплексы территориальной ИС ДЛО в целом, как интегрированной информационной системы.