Государственным Заказчиком Программы является Министерство здравоохранения и медицинской промышленности Российской Федерации, Заказчиками конкретных направлений и проектов программы являются Комитет при Президенте Российской Федерации по политике информатизации, Российская академия медицинских наук, органы управления здравоохранением субъектов Российской Федерации.
Разработчиками проектов, включенных в программу, являются: НПО "Медсоцэкономинформ", Российский государственный медицинский университет, научно-исследовательские и учебные учреждения Минздравмедпрома России и РАМН, Главный вычислительный центр Минздравмедпрома России, вычислительные центры и отделы АСУ органов здравоохранения субъектов Российской Федерации.