Предлагается определить государственным заказчиком-координатором Программы Министерство регионального развития Российской Федерации, а государственными заказчиками Программы по направлениям - Федеральное агентство по рыболовству, Федеральное агентство по энергетике, Федеральное агентство по строительству и жилищно-коммунальному хозяйству, Федеральное агентство воздушного транспорта, Федеральное агентство связи, Федеральное дорожное агентство, Федеральное агентство по здравоохранению и социальному развитию и Федеральное агентство по образованию.
При этом решение о разработчике Программы принимается по результатам конкурса, проводимого государственным заказчиком-координатором Программы и администрацией Сахалинской области.