Организация полетов воздушных судов Российской Федерации в воздушном пространстве Киргизской Республики осуществляется в соответствии с нормативными правовыми актами Киргизской Республики и в соответствии с Соглашением между Министерством обороны Российской Федерации и Министерством обороны Киргизской Республики о порядке взаимодействия военных органов по использованию воздушного пространства и управлению воздушным движением при обеспечении полетов военных воздушных судов Российской Федерации в воздушном пространстве Киргизской Республики и военных воздушных судов Киргизской Республики в воздушном пространстве Российской Федерации от 20 мая 1999 года.
Организация полетов в районе аэродрома базирования осуществляется в соответствии с Инструкцией по производству полетов в районе аэродрома базирования и совместно разрабатываемыми уполномоченными органами Сторон дополнениями к ней.
Российская авиационная база по заявкам уполномоченного органа Киргизской Стороны обеспечивает прием, выпуск воздушных судов, используемых в интересах и в соответствии с законодательством Киргизской Республики, на безвозмездной основе.