Министерство обороны Российской Федерации контролирует боевую готовность, оперативную и боевую подготовку и другие вопросы повседневной деятельности российской авиационной базы.
Российская авиационная база в период ее нахождения на территории Киргизской Республики обеспечивает совместно с Вооруженными Силами Киргизской Республики защиту суверенитета и безопасности Российской Федерации и Киргизской Республики.
Боевое применение российской авиационной базы осуществляется на основании совместного решения Сторон в соответствии с законодательством каждой из Сторон.