Комиссия проводит свои заседания ежегодно поочередно в Российской Федерации и Республике Намибия в соответствии с утвержденной обеими национальными частями Комиссии повесткой дня в конкретные сроки по согласованию Договаривающихся Сторон.
О созыве заседания Комиссии и повестке дня председатели обеих национальных частей Комиссии договариваются не позднее чем за месяц до созыва заседания.
В период между заседаниями Комиссии могут проводиться рабочие встречи председателей ее национальных частей, а также уполномоченных экспертов для рассмотрения хода выполнения принятых решений или согласования подготавливаемых к очередному заседанию Комиссии документов.