Комиссия осуществляет следующие функции:
наблюдает за ходом выполнения Соглашения между Правительством Российской Федерации и Правительством Республики Намибия о торгово-экономическом сотрудничестве от 22 мая 1997 года;
изучает и изыскивает возможности для расширения и разностороннего развития сотрудничества в экономической, торговой, инвестиционной, финансовой и научно-технической областях, а также совершенствования договорно-правовой базы такого сотрудничества;
изучает возможности, направления и формы взаимодействия организаций государств Договаривающихся Сторон на рынках третьих стран;
осуществляет контроль за ходом выполнения совместных решений, принятых на заседаниях Комиссии;
оказывает содействие организациям и деловым кругам каждого из государств Договаривающихся Сторон в развитии и диверсификации экономических, торговых, инвестиционных, финансовых и научно-технических связей, включая осуществление совместных инвестиций на рынках третьих стран;
проводит совместные консультации по проблемам, которые могут возникнуть в ходе развития сотрудничества в указанных областях;
готовит для Договаривающихся Сторон предложения по указанным областям сотрудничества.